林木、花卉遗传育种教育部重点实验室是在原国家林业部“树木花卉遗传育种与生物工程开放性重点实验室”基础上建立，以北京林业大学的的国家重点学科和我国林学第一个博士点学科“林木遗传育种学科”以及国家重点学科和园林植物学唯一的博士点学科“园林植物与观赏园艺学科”为支撑。
实验室下设商品林与经济林树种遗传改良、观赏植物新品种选育、抗逆性植物材料良种选育、细胞工程与良种高效快繁及产业化技术、基因工程与分子辅助育种等5个研究方向。拥有毛白杨研究所、森林生物中心、显微中心、小汤山花卉基地、林木细胞遗传与倍性育种等特色实验室和野外研究基地12个。实验室所取得的成果在我国大规模的现代林业、生态环境工程和城市园林建设与发展中已经或正在发挥着巨大的科技支撑作用，在国内该领域的研究与发展中起到很好的带头和示范作用，研究水平及成果处于国内领先地位，并在国际上产生了一定的影响。
实验室现有固定研究人员48名，其中中国工程院院士2名，博士生导师24名，教授26名，副教授17名，45岁以下的教师绝大多数具有博士。实验室50%以上教师具有在国外研修的经历,有1人被评为国家级有突出贡献的中青年专家，4人被评为部级突出贡献专家，1人获全国优秀教师称号,12人获政府非凡津贴，3人人进入国家“百千万”人才工程。近5年来实验室承担了140余项国家科技攻关、自然科学基金和国际科技合作项目，获得10项世界、国家和省部级奖励并培养了一大批科研骨干和科技创新人才。
本着“开放、竞争、流动、联合”的方针，与美国、澳大利亚、瑞典、德国、加拿大、奥地利、以色列、等国建立了广泛的学术研究交流关系。
实验室本着近期目标与长远发展相结合的原则，面向我国国民经济发展和生态环境建设主战场，解决制约我国林木、花卉育种前瞻性、战略性和要害性的理论及技术问题。选择与国民经济、社会发展需求最为相关的基础科学和要害技术进行研究，抢占国际林木、花卉遗传育种研究的制高点，力争把实验室建成立足中国、面向世界，国内一流，国际上有一定影响，有明显特色和学科优势，产学研密切结合的新型高水平综合性开放实验室和高级人才培养中心。
